El origen de las Misericordias remonta a 1498, por iniciativa de Doña Leonor (viuda de D. João II), con el principal objetivo de ayudar a los desvalidos, a la caridad y al apoyo social. Con el paso del tiempo, durante todos estos siglos, muchos se han dedicado a esta causa y han velado por la belleza de este lugar, que se asume como testimonio de las obras de misericordia.
Este espacio ha sufrido intervenciones a lo largo del tiempo, y las obras de arte han sido preservadas, lo que ha permitido, y corporiza actualmente, este núcleo museológico. Pintura, escultura, aperos litúrgicos y paramentos constituyen esta curiosa colección, que nos presenta varios periodos y estilos artísticos, desde el siglo XVII hasta el siglo XIX, del manierismo, al barroco y al neoclásico.